Hải quan điện tử là gì? Cách khai báo hải quan điện tử

Khai báo hải quan điện tử là thủ tục bắt buộc trong hoạt động xuất nhập khẩu, đảm bảo hàng hóa được thông quan hợp pháp, nhanh chóng. Thay vì nộp hồ sơ giấy thủ công tại cửa khẩu, doanh nghiệp chỉ cần khai báo trực tuyến qua hệ thống được cấp phép. Bài viết này MISA eSign sẽ hướng dẫn chi tiết quy trình khai báo hải quan điện tử và nêu rõ những lưu ý cần thiết cho doanh nghiệp.

1. Hải quan điện tử là gì?

Hải quan điện tử là hình thức khai báo hải quan, trong đó người khai hải quan sử dụng phần mềm trên máy tính để lập tờ khai, gửi dữ liệu tờ khai hải quan và các chứng từ kèm theo đến cơ quan hải quan thông qua mạng internet. Thủ tục thông quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện dựa trên dữ liệu điện tử đã khai báo.

Khái niệm này nhằm phân biệt với phương thức khai hải quan thủ công (bằng giấy) – theo đó, người khai phải điền tay vào mẫu tờ khai in sẵn, nộp bộ hồ sơ cùng các chứng từ liên quan trực tiếp tại cơ quan hải quan để hoàn thành thủ tục thông quan.

• Các hệ thống hải quan điện tử chính

Theo quy định, việc khai báo hải quan điện tử được thực hiện thông qua các hệ thống sau:

• • Hệ thống VNACCS/VCIS: Doanh nghiệp đăng nhập bằng chữ ký số, trực tiếp khai báo và gửi tờ khai hải quan trên hệ thống VNACCS/VCIS của Tổng cục Hải quan; hệ thống tự động tiếp nhận, xử lý và trả kết quả phân luồng điện tử.
  • Phần mềm khai hải quan điện tử của bên thứ ba: Doanh nghiệp sử dụng các phần mềm (ví dụ ECUS5-VNACCS, FPT.TQDT, Viettel…) được Hải quan phê duyệt, có khả năng kết nối trực tiếp với hệ thống VNACCS/VCIS, phục vụ việc lập, quản lý tờ khai điện tử và lưu trữ dữ liệu, xuất báo cáo.

Doanh nghiệp có thể lựa chọn hình thức khai báo phù hợp và bảo đảm dữ liệu khai báo được truyền tải đầy đủ, chính xác lên hệ thống Hải quan quốc gia. Khi sử dụng phần mềm cần cài đặt chữ ký số để xác thực và truyền dữ liệu lên hệ thống.

• Cập nhật 2025-2026: Hướng tới Hải quan số (xử lý tự động, số hóa 95-100% chứng từ)

Căn cứ Quyết định số 707/QĐ-TCHQ do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành, Kế hoạch chuyển đổi số ngành Hải quan xác định đến năm 2025 sẽ hoàn thành xây dựng mô hình “hải quan số”, thực hiện quản lý hải quan hoàn toàn bằng phương thức điện tử.

Cụ thể, mục tiêu đặt ra gồm:

• • Đảm bảo 100% thủ tục hải quan được số hóa và thực hiện bằng phương thức điện tử toàn diện.
  • Chuyển đổi số 95% chứng từ trong hồ sơ hải quan sang dạng dữ liệu số; 5% chứng từ còn lại (thuộc diện hồ sơ đặc biệt như hồ sơ mật, hồ sơ dự phòng khi hệ thống gặp sự cố) vẫn xử lý theo quy định riêng.
  • 100% hồ sơ nghiệp vụ kiểm soát hải quan được chuyển thành dữ liệu điện tử, tiến tới số hóa hoàn toàn.

Ngành Hải quan triển khai xây dựng hệ thống công nghệ thông tin tích hợp, đảm bảo tính mở, đáp ứng chuẩn mực quốc tế, an toàn thông tin và cho phép tự động hóa các quy trình nghiệp vụ từ đầu đến cuối trong quản lý nhà nước về hải quan. Việc thực hiện kế hoạch này hướng tới một nền hải quan số hóa toàn diện, hiện đại, tạo cơ sở pháp lý cho việc rút ngắn thời gian, giảm chi phí, nâng cao tính minh bạch và hiệu quả trong hoạt động xuất nhập khẩu.

Có thể bạn quan tâm? Cách đăng ký chữ ký số Hải Quan nhanh chóng, đơn giản nhất Các bước cài đặt chữ ký số đơn giản mà nhanh chóng

2. Cách khai báo hải quan điện tử chi tiết

2.1. Điều kiện khai báo hải quan điện tử

Doanh nghiệp thực hiện khai báo hải quan điện tử phải đáp ứng các điều kiện sau:

• Đã được cấp mã số thuế doanh nghiệp và còn hoạt động.
• Có chữ ký số hợp lệ, được cấp bởi tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số đã đăng ký với hệ thống Hải quan.
• Đăng ký tài khoản khai báo hải quan điện tử trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc trên phần mềm khai hải quan điện tử đã được Tổng cục Hải quan phê duyệt.
• Sử dụng phần mềm khai hải quan điện tử đáp ứng kết nối với hệ thống Hải quan, có thể là phần mềm miễn phí hoặc thương mại.
• Đảm bảo kết nối internet ổn định để thực hiện truyền, nhận dữ liệu thông suốt với hệ thống Hải quan.

Doanh nghiệp chỉ được thực hiện khai báo hải quan điện tử khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện nêu trên và tuân thủ theo quy định pháp luật hiện hành.

Khi thủ tục hải quan điện tử ngày càng trở thành xu thế tất yếu trong quản lý xuất nhập khẩu, yêu cầu về xác thực số hóa tài liệu, đảm bảo an toàn và giá trị pháp lý cho mọi giao dịch được đặt lên hàng đầu. MISA eSign – giải pháp chữ ký số từ xa tiên tiến, mang đến khả năng ký kết mọi hồ sơ điện tử trên nền tảng bảo mật vững chắc, tuân thủ nghiêm ngặt quy định pháp luật hiện hành. Với sự tin chọn của hàng nghìn doanh nghiệp, MISA eSign không chỉ hỗ trợ doanh nghiệp hoàn tất thủ tục hải quan điện tử một cách nhanh chóng mà còn mở rộng tiện ích cho mọi nghiệp vụ số hóa, tối ưu chi phí, nâng tầm hiệu quả quản trị trong thời đại số.

→ TÌM HIỂU THÊM VỀ PHẦN MỀM CHỮ KÝ SỐ MISA ESIGN ←

2.2. Quy trình khai báo hải quan điện tử

Quy trình khai báo hải quan điện tử được thực hiện theo trình tự sau, phù hợp quy định pháp luật hiện hành:

• Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ, chứng từ xuất khẩu

Doanh nghiệp chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ, gồm các chứng từ sau:

• • Hóa đơn thương mại (Invoice)
  • Hợp đồng mua bán (Contract)
  • Vận đơn (Bill of Lading/Airway Bill)
  • Bảng kê chi tiết hàng hóa (Packing List)
  • Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu có
  • Giấy phép liên quan đến nhập khẩu, kiểm định, kiểm dịch (nếu thuộc diện quản lý chuyên ngành)
  • Các tài liệu khác theo yêu cầu từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu.

• Bước 2. Đăng nhập hệ thống VNACCS/VCIS

Người khai hải quan sử dụng chữ ký số hợp lệ để đăng nhập hệ thống VNACCS/VCIS qua phần mềm khai báo điện tử. Việc xác thực được thực hiện bằng kết nối USB Token.

• Bước 3. Lập và hoàn thiện tờ khai hải quan điện tử

Người khai hải quan nhập đầy đủ thông tin trên tờ khai điện tử, bao gồm:

• • Loại hình xuất khẩu, nhập khẩu; mã loại hình (ví dụ: A11, E62…)
  • Thông tin doanh nghiệp; thông tin hàng hóa (mã HS, tên hàng, xuất xứ, số lượng, trị giá…)
  • Thông tin vận tải (cảng xếp/dỡ, số vận đơn…)
  • Thông tin thuế, phí.

Lưu ý: Việc kê khai mã HS phải chính xác. Sau khi hoàn thiện thông tin, kiểm tra, xác nhận lại dữ liệu trên hệ thống.

• Bước 4. Ký số và truyền tờ khai điện tử

Tờ khai điện tử được ký số và truyền trực tiếp lên hệ thống VNACCS/VCIS để tiếp nhận và xử lý.

• Bước 5. Nhận kết quả phân luồng

Doanh nghiệp nhận phản hồi và kết quả phân luồng tự động:

• • Luồng xanh: Miễn kiểm tra hồ sơ và hàng hóa.
  • Luồng vàng: Kiểm tra hồ sơ giấy, nộp bản scan/bản gốc theo yêu cầu.
  • Luồng đỏ: Kiểm tra hồ sơ và thực tế hàng hóa tại cảng/kho.

• Bước 6. Nộp thuế, lệ phí (nếu có)

Trường hợp phát sinh nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp thực hiện nộp qua ngân hàng thương mại kết nối với Tổng cục Hải quan bằng phương thức điện tử 24/7.

• Bước 7. Thông quan hàng hóa

Sau khi hoàn thành các bước kiểm tra và nghĩa vụ thuế, hệ thống xác nhận và trả kết quả thông quan. Doanh nghiệp in tờ khai điện tử, thực hiện thủ tục nhận hàng tại cảng/kho.

• Bước 8. Lưu trữ hồ sơ hải quan

Doanh nghiệp có trách nhiệm lưu trữ toàn bộ hồ sơ, chứng từ liên quan đến lô hàng xuất nhập khẩu tối thiểu 05 năm để phục vụ kiểm tra, thanh tra sau thông quan theo quy định pháp luật.

3. Lưu ý khi thực hiện khai báo hải quan điện tử

• Trường hợp hệ thống không hoạt động

Căn cứ khoản 12 điều 1 nghị định 167/2025/NĐ-CP quy định như sau:

2. Các trường hợp sau đây người khai hải quan được lựa chọn khai theo phương thức điện tử hoặc khai trên tờ khai hải quan giấy:

…

d) Trường hợp hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, hệ thống khai hải quan điện tử không thực hiện được các giao dịch điện tử với nhau mà nguyên nhân có thể do một hoặc cả hai hệ thống hoặc do nguyên nhân khác.

Trường hợp hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử, cơ quan hải quan có trách nhiệm thông báo trên trang thông tin điện tử hải quan chậm nhất 01 giờ kể từ thời điểm không thực hiện được các giao dịch điện tử.

Trường hợp hệ thống khai hải quan điện tử của người khai hải quan không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử, người khai hải quan có văn bản đề nghị Chi cục Hải quan khu vực nơi dự kiến làm thủ tục hải quan, trong đó nêu rõ tên và nguyên nhân sự cố, thời hạn dự kiến khắc phục sự cố và lựa chọn phương thức thực hiện thủ tục khai hải quan thông qua đại lý làm thủ tục hải quan hoặc khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy trong thời gian hệ thống khai hải quan điện tử của người khai hải quan gặp sự cố”

Như vậy trong trường hợp hệ thống khai hải quan điện tử không thực hiện được thì người khai hải quan được phép nộp hồ sơ hải quan giấy theo quy định nêu trên.

• Thời hạn kê khai

Căn cứ theo quy định tại Điều 25 Luật Hải quan 2014 về thời hạn nộp hồ sơ hải quan như sau:

Thời hạn nộp hồ sơ hải quan
1. Thời hạn nộp tờ khai hải quan được quy định như sau:
a) Đối với hàng hóa xuất khẩu, nộp sau khi đã tập kết hàng hóa tại địa điểm người khai hải quan thông báo và chậm nhất là 04 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh; đối với hàng hóa xuất khẩu gửi bằng dịch vụ chuyển phát nhanh thì chậm nhất là 02 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh;
b) Đối với hàng hóa nhập khẩu, nộp trước ngày hàng hóa đến cửa khẩu hoặc trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hàng hóa đến cửa khẩu;
c) Thời hạn nộp tờ khai hải quan đối với phương tiện vận tải thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 69 của Luật này.
2. Tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký.
3. Thời hạn nộp chứng từ có liên quan thuộc hồ sơ hải quan được quy định như sau:
a) Trường hợp khai hải quan điện tử, khi cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra hồ sơ hải quan, kiểm tra thực tế hàng hóa, người khai hải quan nộp các chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan, trừ những chứng từ đã có trong hệ thống thông tin một cửa quốc gia;
b) Trường hợp khai tờ khai hải quan giấy, người khai hải quan phải nộp hoặc xuất trình chứng từ có liên quan khi đăng ký tờ khai hải quan.

Như vậy, thời hạn nộp hồ sơ hải quan cụ thể như sau:

• Đối với hàng hóa xuất khẩu:

• • Sau khi đã tập kết hàng hóa, phải nộp tờ khai chậm nhất 4 giờ trước khi phương tiện vận tải rời khỏi Việt Nam.
  • Nếu gửi hàng bằng chuyển phát nhanh, thì thời hạn ngắn hơn: 2 giờ trước khi phương tiện xuất cảnh.

• Đối với hàng hóa nhập khẩu:

• • Có thể nộp tờ khai trước ngày hàng đến cửa khẩu.
  • Trường hợp chưa kịp nộp, vẫn được phép nộp trong vòng 30 ngày kể từ ngày hàng đến cửa khẩu.

Trên đây là tổng hợp các nội dung liên quan đến khai báo hải quan điện tử. Việc thực hiện khai báo hải quan điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí mà còn bảo đảm tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật, nâng cao hiệu quả quản lý xuất nhập khẩu. Doanh nghiệp cần chủ động nắm vững quy trình và cập nhật kịp thời các hướng dẫn về khai báo hải quan điện tử sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro, thuận lợi trong thông quan.

Trong bối cảnh doanh nghiệp ngày càng ưu tiên thủ tục hải quan điện tử để tăng tốc thông quan, việc sử dụng chữ ký số trở thành yếu tố không thể thiếu nhằm xác thực hồ sơ hợp pháp, minh bạch và an toàn. Đáp ứng nhu cầu này, MISA eSign nổi bật là giải pháp chữ ký số từ xa uy tín, bảo mật tuyệt đối, đã được Bộ TT&TT cấp phép, đạt chuẩn eIDAS châu Âu và tích hợp đầy đủ các tính năng nghiệp vụ hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện mọi giao dịch điện tử một cách thuận tiện, tiết kiệm chi phí và tối ưu hiệu suất.

Chữ ký số từ xa MISA eSign:

• Bảo mật thông tin, an toàn tuyệt đối:
  • Được bộ TT&TT cấp phép, đạt tiêu chuẩn Châu Âu eIDAS
  • Đáp ứng đầy đủ quy định pháp luật theo nghị định 130/2018/NĐ-CP và thông tư 16/2019/TT-BTTTT của Bộ TT&TT.
• Đầy đủ nghiệp vụ giao dịch điện tử: Xuất hóa đơn điện tử, kê khai/nộp thuế điện tử, BHXH, ký hợp đồng điện tử…
• Tối ưu năng suất, tiết kiệm chi phí vì MISA eSign tích hợp sẵn trong phần mềm hóa đơn điện tử, Thuế điện tử, BHXH, kế toán, bán hàng, nhân sự…
• Thủ tục đăng ký đơn giản; Phần mềm dễ dàng sử dụng; hỗ trợ nhanh chóng.

Nếu có nhu cầu sử dụng phần mềm chữ ký số từ xa MISA eSign, quý doanh nghiệp hãy đăng ký nhận báo giá và tư vấn miễn phí tại đây: