CHI TIẾT cách nộp tờ khai bổ sung trên thuế điện tử

Việc nắm vững cách nộp tờ khai bổ sung trên thuế điện tử là yếu tố quan trọng giúp doanh nghiệp nhanh chóng điều chỉnh sai sót và đảm bảo tuân thủ pháp luật. Bài viết dưới đây MISA eSign sẽ hướng dẫn quy trình thực hiện chi tiết, chính xác và dễ hiểu nhất theo các bước giúp doanh nghiệp tránh các rủi ro pháp lý không đáng có.

1. Lưu ý trước khi nộp tờ khai bổ sung

1.1. Lưu ý về thời hạn kê khai bổ sung

Căn cứ theo Điều 47 Luật Quản lý thuế năm 2019, được sửa đổi bởi Điểm a Khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15 quy định:

1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Theo quy định, người nộp thuế có quyền khai bổ sung đối với hồ sơ thuế trong thời hạn 10 năm, kể từ ngày kết thúc thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế phát sinh sai sót, với điều kiện việc khai bổ sung phải hoàn thành trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Người nộp thuế có trách nhiệm thực hiện khai bổ sung ngay khi phát hiện sai sót nhằm hạn chế rủi ro xử phạt vi phạm hành chính và các hậu quả pháp lý liên quan.

Kể từ ngày 01/07/2026, khi Luật Quản lý thuế sửa đổi có hiệu lực thi hành, thời hạn khai bổ sung hồ sơ khai thuế giảm còn 05 năm.

1.2. Chuẩn bị trước khi kê khai bổ sung

Việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và các công cụ kỹ thuật là điều kiện tiên quyết nhằm đảm bảo quá trình nộp tờ khai bổ sung qua hệ thống thuế điện tử được thực hiện dễ dàng và đúng trình tự.

Để triển khai, người nộp thuế cần thực hiện chuẩn bị các mục sau:

• Tài khoản giao dịch thuế điện tử

Người nộp thuế có trách nhiệm đảm bảo tính pháp lý và trạng thái hoạt động của phương thức giao dịch trực tuyến với cơ quan quản lý thuế, cụ thể:

• • Kiểm tra tính hợp lệ của tài khoản: Đảm bảo tổ chức, cá nhân đã được cấp tài khoản giao dịch thuế điện tử hợp lệ trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
  • Xác thực thông tin truy cập: Kiểm tra trạng thái hoạt động của tài khoản, đảm bảo thông tin đăng nhập chính xác và chữ ký số (USB Token) còn hiệu lực để thực hiện việc ký và gửi tờ khai.
• Xác định kỳ tính thuế sai sót và mã giao dịch của tờ khai gốc

Việc xác định chính xác đối tượng cần điều chỉnh là căn cứ pháp lý quan trọng để hệ thống ghi nhận hồ sơ bổ sung:

• • Xác định kỳ tính thuế: Rà soát cụ thể loại thuế và kỳ kê khai (tháng, quý hoặc năm) phát sinh sai sót cần thực hiện điều chỉnh.
  • Tra cứu mã giao dịch: Truy cập hệ thống để xác định chính xác mã giao dịch điện tử của tờ khai gốc đã được nộp thành công trước đó. Đây là thông tin bắt buộc để làm căn cứ tham chiếu cho tờ khai bổ sung.
• Phần mềm Hỗ trợ kê khai (HTKK)

Công cụ hỗ trợ kê khai phải được duy trì ở phiên bản tương thích nhằm đảm bảo cấu trúc dữ liệu phù hợp với hệ thống tiếp nhận của Tổng cục Thuế:

• • Cập nhật phiên bản phần mềm: Thực hiện cài đặt phiên bản HTKK mới nhất, đảm bảo đáp ứng đầy đủ các quy định tại các Thông tư và văn bản hướng dẫn hiện hành.
  • Kiểm tra tính vận hành của hệ thống: Đảm bảo phần mềm hoạt động ổn định, có khả năng kết xuất dữ liệu dưới định dạng XML và duy trì kết nối thông suốt với hệ thống thuế điện tử.
• Chứng từ và hồ sơ khai thuế bổ sung

Dữ liệu điều chỉnh phải được xây dựng dựa trên các căn cứ pháp lý và chứng từ kế toán hợp lệ, phục vụ công tác kiểm tra, giải trình của cơ quan thuế:

• • Tập hợp chứng từ liên quan: Thu thập đầy đủ hóa đơn, chứng từ kế toán và các tài liệu đối chiếu có liên quan trực tiếp đến nội dung điều chỉnh.
  • Kiểm soát tính hợp lệ: Rà soát tính pháp lý của các tài liệu bổ trợ để đảm bảo tính chính xác của số liệu điều chỉnh.
  • Hoàn thiện bộ hồ sơ theo quy định: Chuẩn bị đầy đủ các mẫu biểu theo quy định pháp luật, bao gồm: Tờ khai bổ sung (Mẫu số 01/KHBS), bản giải trình khai bổ sung (Mẫu số 01-1/KHBS) và hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót đã được cập nhật lại dữ liệu theo đúng thực tế.

2. Hướng dẫn nộp tờ khai bổ sung CHI TIẾT

✅Nộp tờ khai bổ sung trên Cổng dịch vụ công (dichvucong.gdt.gov.vn)

• Bước 1: Người nộp thuế thực hiện truy cập vào mục “Tra cứu hồ sơ” để tìm kiếm tờ khai gốc đã được hệ thống chấp nhận, cụ thể:

• • Trường hợp nộp hồ sơ trên Cổng Dịch vụ công (dichvucong.gdt.gov.vn) hoặc nộp trên trang thuedientu.gdt.gov.vn sau ngày 01/07/2025: Thực hiện tra cứu hồ sơ đã nộp trên hệ thống Dịch vụ công.
  • Trường hợp nộp hồ sơ trên trang thuedientu.gdt.gov.vn trước ngày 01/07/2025: Thực hiện tra cứu hồ sơ đã nộp trên hệ thống Thuế điện tử.

Sau khi xác định được tờ khai gốc, lựa chọn biểu tượng tại đầu dòng tương ứng để thực hiện chức năng “Chọn nộp hồ sơ bổ sung”.

• Bước 2: Lựa chọn hình thức nộp hồ sơ

Người nộp thuế lựa chọn một trong hai phương thức: nộp hồ sơ kê khai trực tuyến hoặc nộp tệp dữ liệu định dạng XML (thực hiện qua chức năng: “Chọn tệp/Ký hồ sơ và Nộp tờ khai”).

• Bước 3: Tải dữ liệu và kiểm tra thông tin tờ khai

Thực hiện các thao tác tương tự như quy trình nộp tờ khai lần đầu. Sau khi tải tệp XML lên hệ thống, người nộp thuế có trách nhiệm kiểm tra kỹ các thông tin sau:

• • Kỳ tính thuế;
  • Danh mục ngành nghề;
  • Lần bổ sung.
  • Sau khi xác nhận các thông tin trên là chính xác, nhấn “Tiếp tục”.

• Bước 4: Rà soát dữ liệu

Thực hiện kiểm tra, đối chiếu toàn bộ dữ liệu trên tờ khai một lần cuối trước khi tiến hành các bước nộp hồ sơ nhằm đảm bảo tính chính xác và thống nhất của thông tin.

• Bước 5: Ký số và nộp hồ sơ

Kết nối thiết bị chữ ký số (USB Token) vào máy tính và thực hiện các thao tác ký số và nộp tờ khai theo quy định.

Sau khi đã nắm vững quy trình thực hiện cách nộp tờ khai bổ sung trên thuế điện tử, bước cuối cùng và cũng là quan trọng nhất để hoàn tất giao dịch là thực hiện ký số. Để đảm bảo quá trình này diễn ra thông suốt, hạn chế tối đa các lỗi kỹ thuật về chữ ký hoặc sự cố kết nối, việc ứng dụng một giải pháp ký số chuyên dụng như MISA eSign là vô cùng thiết yếu. Không chỉ hỗ trợ việc ký tờ khai một cách nhanh chóng, MISA eSign còn mang lại sự an tâm tuyệt đối về tính bảo mật và khả năng tương thích cao với hệ thống thuế điện tử, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa thời gian và nguồn lực.

✅ Nộp tờ khai bổ sung trên thuế điện tử

Bước 1: Đăng nhập vào hệ thống thuế điện tử

• Người nộp thuế thực hiện truy cập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tại địa chỉ: https://thuedientu.gdt.gov.vn.
• Lựa chọn phân hệ: Chọn phân hệ quản lý phù hợp đối với “Doanh nghiệp” hoặc “Cá nhân”.
• Xác thực tài khoản: Thực hiện đăng nhập bằng mã số thuế và mật khẩu đã được cấp.

Bước 2: Truy cập chức năng nộp tờ khai bổ sung

Tại giao diện chính của hệ thống, người nộp thuế thực hiện các thao tác sau:

• Truy cập mục “Kê khai thuế”, sau đó lựa chọn chức năng “Tờ khai bổ sung” hoặc “Nộp tờ khai bổ sung”.
• Hệ thống sẽ hiển thị danh sách các tờ khai thuế đã được nộp thành công; người nộp thuế tiến hành xác định và lựa chọn tờ khai có sai sót cần thực hiện điều chỉnh.

Bước 3: Khai báo thông tin bổ sung

Tại tờ khai cần điều chỉnh, nhấn chọn chức năng “Nộp bổ sung” và thực hiện cung cấp đầy đủ các thông tin theo yêu cầu của hệ thống, bao gồm:

• Loại thuế điều chỉnh: Xác định chính xác loại thuế cần bổ sung (ví dụ: Thuế GTGT, Thuế TNCN, Thuế TNDN,…).
• Kỳ tính thuế: Xác định cụ thể kỳ kê khai phát sinh sai sót (ví dụ: Quý II/2025,…).
• Lý do điều chỉnh: Nêu rõ căn cứ và nội dung sai sót (ví dụ: điều chỉnh doanh thu do khai sai, bỏ sót hóa đơn, nhầm lẫn định khoản,…).
• Số liệu điều chỉnh: Cập nhật số liệu mới theo đúng biểu mẫu quy định của cơ quan thuế.
• Tài liệu chứng minh: Chuẩn bị các tài liệu liên quan để chứng minh tính chính xác của việc điều chỉnh (hóa đơn, bảng kê, hợp đồng, biên bản điều chỉnh,…).

Bước 4: Đính kèm tài liệu và hoàn tất nộp hồ sơ

• Thực hiện tải lên hệ thống các tài liệu, hồ sơ liên quan đã chuẩn bị để làm căn cứ cho việc điều chỉnh số liệu.
• Thực hiện kiểm tra, đối chiếu toàn bộ thông tin trên tờ khai bổ sung nhằm đảm bảo tính chính xác và thống nhất trước khi nộp.
•  Đối với tổ chức và doanh nghiệp, thực hiện chức năng “Ký và nộp” thông qua thiết bị chữ ký số. Sau khi hoàn tất, người nộp thuế kiểm tra thông báo xác nhận nộp hồ sơ thành công từ hệ thống.

Việc thực hiện đúng các bước nộp tờ khai bổ sung là điều kiện cần để điều chỉnh sai sót về thuế, tuy nhiên, tính pháp lý và giá trị của tờ khai đó còn phụ thuộc mật thiết vào tính hợp lệ của chữ ký số được sử dụng. Nhằm kiểm soát rủi ro về việc chữ ký không được chấp nhận hoặc các sai sót trong quá trình xác thực chứng thư số, doanh nghiệp có thể xem xét triển khai các giải pháp ký số tiên tiến như MISA eSign. Đây là công cụ ký số hiện đại, được thiết kế nhằm đảm bảo sự tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật về giao dịch điện tử, đồng thời cung cấp cơ chế bảo mật đa lớp, bảo vệ toàn vẹn tính pháp lý cho mọi hồ sơ thuế được nộp lên hệ thống.