Nộp thuế hải quan điện tử: Hướng dẫn từ A – Z

13/01/2026

Nộp thuế hải quan điện tử là giải pháp hiện đại giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và nâng cao hiệu quả quản lý. Để đảm bảo quá trình nộp thuế hiệu quả, bài viết dưới đây MISA eSign sẽ tổng hợp các nội dung giúp doanh nghiệp nắm rõ quy trình và các lưu ý pháp lý liên quan đến đăng ký và thực hiện nộp thuế hải quan điện tử.

Mục lục Hiện

1. Điều kiện cần chuẩn bị để nộp thuế điện tử

Dưới đây là những điều kiện doanh nghiệp cần chuẩn bị để có thể nộp thuế hải quan điện tử:

Chữ ký số hợp lệ

Chữ ký số sử dụng để nộp thuế hải quan điện tử phải được doanh nghiệp đăng ký với cơ quan Hải quan và còn thời hạn hiệu lực. Đồng thời, chữ ký số phải do tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng được Bộ Thông tin và Truyền thông cấp phép, đáp ứng tiêu chuẩn kỹ thuật theo pháp luật về giao dịch điện tử.

Doanh nghiệp chịu trách nhiệm bảo mật, quản lý an toàn thiết bị lưu trữ chữ ký số; mọi giao dịch phát sinh thông qua chữ ký số đều có giá trị pháp lý xác nhận nghĩa vụ nộp thuế.

Tài khoản khai báo hải quan điện tử

Tài khoản khai báo hải quan điện tử phải được đăng ký hợp lệ trên Cổng thông tin điện tử Hải quan, hệ thống VNACCS/VCIS hoặc phần mềm được cơ quan Hải quan chấp thuận. Doanh nghiệp cung cấp thông tin nhận diện, mã số thuế, địa chỉ, số điện thoại liên hệ; hoàn tất xác thực, kích hoạt tài khoản theo quy trình của Tổng cục Hải quan.

Tài khoản thanh toán tại ngân hàng liên kết

Doanh nghiệp phải có tài khoản thanh toán tại ngân hàng thương mại nằm trong danh sách các ngân hàng đã ký kết phối hợp thu với Tổng cục Hải quan. Tài khoản phải đăng ký chức năng nộp thuế điện tử và đồng bộ thông tin mã số thuế, tên doanh nghiệp với hệ thống Hải quan.

Ngoài ra, để nộp thuế hải quan điện tử doanh nghiệp cần đảm bảo tài khoản có đủ số dư, cho phép trích nợ tự động hoặc xác nhận thanh toán trực tuyến nghĩa vụ thuế phát sinh. Các thủ tục đăng ký, liên kết tài khoản ngân hàng được thực hiện theo hướng dẫn của từng ngân hàng và quy định của Hải quan.

Mã số thuế doanh nghiệp

Đối với mã số thuế doanh nghiệp cần đảm bảo:

- Mã số thuế (MST) của doanh nghiệp phải được cơ quan Thuế cấp, cập nhật chính xác trên hệ thống khai báo hải quan điện tử, tài khoản ngân hàng và chứng từ nộp thuế.
- MST phải ở trạng thái hợp lệ, không bị tạm ngưng hoặc thu hồi; bảo đảm sự trùng khớp giữa các hệ thống quản lý thuế và hải quan khi xác nhận quyền, nghĩa vụ liên quan đến kê khai, nộp thuế điện tử.

Có thể bạn quan tâm?

2. Các cách nộp thuế hải quan điện tử hiện nay

✅Cách 1: Nộp trực tiếp qua Cổng thanh toán điện tử Hải quan (ePayment)

Bước 1. Đăng ký tài khoản nộp thuế điện tử

- Truy cập Cổng thông tin điện tử Hải quan để đăng ký tài khoản nộp thuế điện tử tại link: https://epayment.customs.gov.vn/epaymentportal/login
- Doanh nghiệp khai đầy đủ thông tin doanh nghiệp, email, số điện thoại và cập nhật các thông tin liên quan đến ủy quyền trích nợ tài khoản ngân hàng. Ngoài ra, sau khi thực hiện khai báo xác định số tiền phải nộp chi tiết, doanh nghiệp phải kê khai thủ tục hải quan tại hệ thống thông quan điện tử.

Lưu ý: Doanh nghiệp cần chuẩn bị chữ ký số để khai báo thủ tục và đăng ký mở tài khoản, tiến hành nộp thuế từ cổng thông tin điện tử.

Để khai báo và nộp thuế hải quan điện tử, doanh nghiệp có thể sử dụng chữ ký số từ xa MISA eSign. Giải pháp đảm bảo an toàn pháp lý theo Nghị định 130/2018/NĐ-CP và tiêu chuẩn Châu Âu eIDAS, đồng thời hỗ trợ đầy đủ các nghiệp vụ giao dịch điện tử giúp doanh nghiệp dễ dàng thực hiện các thủ tục nộp thuế hải quan điện tử.

→ TÌM HIỂU THÊM VỀ PHẦN MỀM CHỮ KÝ SỐ MISA ESIGN ←

Bước 2. Kê khai, nộp Bảng kê nộp thuế

- Trên website của Hải quan – Thuế Việt Nam, người dùng tải về mẫu bảng kê khai 01/BKNT, sau đó đăng nhập bằng tài khoản đã đăng ký. Hệ thống sẽ cung cấp các thông tin chi tiết liên quan đến từng mẫu tờ khai cho người sử dụng.
- Doanh nghiệp tiến hành kiểm tra thông tin, lựa chọn số tiền nộp thuế và ngân hàng ủy quyền trích nợ từ tài khoản thanh toán thuế, thực hiện ký số để hoàn tất việc nộp tiền. Sau khi ký số, chứng từ nộp tiền sẽ được hệ thống cấp mã ID.

Bước 3. Cơ quan hải quan gửi thông điệp trích tiền

Hệ thống hải quan xác nhận thông tin, ký số và gửi yêu cầu trích tiền đến ngân hàng doanh nghiệp đã đăng ký.

Bước 4. Ngân hàng trích tài khoản, chuyển tiền nộp thuế

Ngân hàng thực hiện kiểm tra lại các thông tin về chữ ký số của người nộp thuế, chữ ký số của Tổng cục Hải quan và thực hiện chuyển tiền đóng thuế theo yêu cầu. Trường hợp sai sót hoặc từ chối lệnh, ngân hàng sẽ trả thông báo để doanh nghiệp xử lý lại.

Bước 5. Cơ quan hải quan xác nhận trừ nợ, thông quan

Hệ thống hải quan tự động kiểm tra, đối chiếu số tiền, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế và cho phép thông quan.

Bước 6. Hạch toán thuế

Kho bạc Nhà nước gửi bảng kê giao dịch đã xác nhận về hệ thống Hải quan để hạch toán và hoàn tất nghiệp vụ.

✅Cách 2: Nộp qua Internet Banking/Mobile Banking của các ngân hàng kết nối

Doanh nghiệp có thể nộp thuế hải quan điện thử thông qua Internet Banking/Mobile Banking của các ngân hàng. Cụ thể các bước thực hiện như sau:

Bước 1. Chuẩn bị thông tin và kiểm tra điều kiện

Doanh nghiệp cần đảm bảo đã có tài khoản tại ngân hàng thuộc danh sách phối hợp thu điện tử với cơ quan Hải quan. Ngoài ra, doanh nghiệp cũng cần chuẩn bị đầy đủ chữ ký số, tài khoản khai báo hải quan điện tử và thông tin nộp thuế phát sinh để thực hiện nộp tiền thuế hải quan điện tử.

Bước 2. Đăng nhập hệ thống ngân hàng

- Đăng nhập Internet Banking hoặc Mobile Banking của ngân hàng đã liên kết.
- Lựa chọn chức năng Thanh toán thuế/Nộp thuế hải quan điện tử.

Bước 3. Nhập thông tin nghĩa vụ thuế

Doanh nghiệp nhập Mã số thuế, số tờ khai hải quan hoặc các thông tin được yêu cầu về giao dịch nộp thuế. Hệ thống sẽ thực hiện truy xuất, hiển thị chi tiết các khoản thuế phải nộp theo từng tờ khai.

Bước 4. Xác nhận và thực hiện giao dịch

Doanh nghiệp kiểm tra lại thông tin nghĩa vụ thuế, lựa chọn khoản thuế cần thanh toán và xác nhận trích nợ tài khoản ngân hàng, thực hiện ký xác thực (OTP hoặc các phương thức xác thực theo quy định của ngân hàng).

Bước 5. Ngân hàng xử lý và chuyển thông tin

Ngân hàng kiểm tra xác thực giao dịch, trích tiền từ tài khoản doanh nghiệp và chuyển thông tin nộp thuế cho hệ thống Hải quan/Kho bạc Nhà nước.

Bước 6. Cơ quan Hải quan xác nhận thanh toán

Hệ thống Hải quan tiếp nhận thông tin thanh toán, đối chiếu số liệu, thực hiện trừ nợ và cập nhật trạng thái hoàn thành nghĩa vụ thuế, cho phép thông quan lô hàng.

3. Một số lưu ý khi nộp thuế hải quan điện tử

Dưới đây là một số lưu ý khi doanh nghiệp thực hiện nộp thuế hải quan điện tử:

Kiểm tra hệ thống định kỳ

Doanh nghiệp cần kiểm tra thường xuyên tình trạng hoạt động của thiết bị, hệ thống phần mềm khai báo hải quan điện tử, chữ ký số, kết nối Internet và tài khoản thanh toán tại ngân hàng liên kết đảm bảo các hệ thống này luôn hoạt động ổn định, tránh phát sinh lỗi kỹ thuật trong quá trình nộp thuế, nhất là vào các thời điểm cao điểm hoặc cuối kỳ kê khai, quyết toán thuế.

Đăng ký tài khoản VNACCS/VCIS trước khi giao dịch lần đầu

Khi lần đầu thực hiện nộp thuế hải quan điện tử, doanh nghiệp phải hoàn tất việc đăng ký tài khoản VNACCS/VCIS trên hệ thống của Tổng cục Hải quan; đồng thời liên kết đầy đủ thông tin chữ ký số, mã số thuế, tài khoản doanh nghiệp, tài khoản ngân hàng.

Việc đăng ký, xác thực tài khoản và quyền truy cập chỉ cần thực hiện 1 lần đảm bảo sau đó doanh nghiệp có thể kê khai, nộp thuế liên tục, thuận lợi và được công nhận hợp lệ theo quy định.

>> Đọc thêm: Tài khoản VNACCS là gì? Cách đăng ký tài khoản VNACCS nhanh chóng

Kiểm tra kỹ thông tin trước khi nộp

Trước khi xác nhận nộp thuế, doanh nghiệp cần đối chiếu, kiểm tra kỹ các thông tin: mã số thuế, số tờ khai hải quan, số tài khoản ngân hàng, số tiền, loại thuế, kỳ nộp thuế, mã cơ quan hải quan, mã kho bạc.

Việc kiểm tra chặt chẽ giúp hạn chế sai sót, tránh nộp nhầm khoản thuế cũng như mất thời gian điều chỉnh, thậm chí phát sinh nghĩa vụ chậm nộp và xử phạt hành chính.

Lưu, bảo quản chứng từ sau khi nộp thành công

Doanh nghiệp phải lưu trữ đầy đủ các chứng từ điện tử xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế bao gồm Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, biên lai điện tử, mã ID chứng từ, xác nhận hệ thống của Kho bạc hay Hải quan. Chứng từ này cần lưu trữ đúng quy định về kế toán, kiểm toán và pháp luật thuế, phục vụ công tác kiểm tra, đối chiếu hoặc giải trình khi có yêu cầu của cơ quan chức năng.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị chữ ký số để khai báo thủ tục hải quan, đăng ký mở tài khoản và thực hiện nộp thuế điện tử trên cổng thông tin điện tử quốc gia. Để nâng cao hiệu quả và bảo mật, doanh nghiệp có thể sử dụng chữ ký số từ xa MISA eSign với các tính năng nổi bật:

Bảo mật thông tin, an toàn tuyệt đối: Được Bộ Thông tin & Truyền thông cấp phép, đáp ứng tiêu chuẩn Châu Âu eIDAS.
Tuân thủ pháp luật: Đáp ứng đầy đủ các quy định tại Nghị định 130/2018/NĐ-CP và Thông tư 16/2019/TT-BTTTT.
Hỗ trợ toàn diện nghiệp vụ điện tử: Xuất hóa đơn, kê khai/nộp thuế, BHXH, ký hợp đồng điện tử, v.v.
Tối ưu chi phí & năng suất: Tích hợp sẵn trên phần mềm hóa đơn điện tử, thuế, BHXH, kế toán, quản trị bán hàng, nhân sự…
Thủ tục đăng ký đơn giản, sử dụng dễ dàng, hỗ trợ nhanh chóng.

Lựa chọn MISA eSign giúp doanh nghiệp đảm bảo an toàn pháp lý, tiết kiệm thời gian và chi phí trong mọi giao dịch điện tử. Nếu có nhu cầu sử dụng phần mềm chữ ký số từ xa MISA eSign, quý doanh nghiệp hãy đăng ký nhận báo giá và tư vấn miễn phí tại đây: